Introduction

Ce guide explique comment publier vos données de biodiversité sur GBIF en utilisant le répertoire Canadensys. Le répertoire Canadensys est alimenté par l’Outil de Publication Intégré du GBIF (IPT) et personnalisé par Canadensys pour être entièrement intégré à notre site web. Il vous permet de télécharger, de standardiser, de publier et d’enregistrer vos données en 7 étapes. Il est important de noter que les données sont publiées au nom de votre organisation, et ce gratuitement.

Accédez à l’IPT

Format de jeu de données

Les données sur la biodiversité sont publiées sur Canadensys selon la norme Darwin Core (DwC). Elle comprend un glossaire des termes définis (mentionné sous le format dwc:nomDuTerme ci-après) et permet à vos données d’être comprises et utilisées par n’importe qui.

Le standard Darwin Core offre un moyen robuste et stable de compiler et de partager des données sur la biodiversité, quelle que soit la technologie utilisée pour le faire. Elle permet également à l’agrégateur GBIF d’intégrer vos données à d’autres données dans le monde entier.

GBIF portal

Il n’est pas nécessaire d’utiliser ces termes dans vos données sources, mais le fait d’en prendre connaissance devrait vous aider à construire les fondations de votre base de données.

Les classes de jeux de données

Il existe quatre classes de jeux de données pris en charge par l’IPT. Pour plus d’informations sur les différentes classes de jeux de données, consultez les guides GBIF suivants:

• Exigences de qualité des données pour la publication des données d’occurrence
• Exigences de qualité des données pour la publication des listes de contrôle
• Exigences de qualité des données pour la publication des métadonnées
• Exigences de qualité des données pour la publication des données d’événement d’échantillonnage

Conditions

Les données nous tiennent à coeur et nous voulons nous assurer que c’est aussi le cas pour vous. Pour publier vos données dans le répertoire Canadensys, vous devez répondre aux critères suivants:

• Vous êtes associé à une collection ou une organisation canadienne.
• Vous publiez l’un des quatre types d’ensembles de données soutenus par l’IPT.
• Vous détenez les droits de publication des données.
• Vous êtes prêt à maintenir le jeu de données et à en améliorer la qualité dans la mesure du possible.
• Vous êtes prêt à fournir suffisamment de métadonnées pour que les utilisateurs et utilisatrices puissent savoir de quoi il s’agit.
• Vous publiez les données sous une licence ouverte pour que d’autres puissent vraiment les utiliser. Nous recommandons vivement de publier sous CC0.

Enregistrement de l’institution et de la collection

Avant de commencer, il est essentiel d’enregistrer votre institution et votre collection sur GRSciColl. Le registre mondial des collections scientifiques (GRSciColl) est un référentiel exhaustif d’informations sur les collections scientifiques, géré par la communauté. Vous devrez également enregistrer votre institution ou votre organisation en tant qu’éditeur sur GBIF.

Ajoutez votre instituion sur GRSciColl

Ajoutez votre collection sur GRSciColl

Devenir un fournisseur de données

1. Créez une ressource sur l’IPT

C’est parti !

Pour pouvoir créer et gérer votre propre jeu de données (appelé « ressource »), vous aurez besoin d’un compte utilisateur. Il vous suffit de nous contacter pour en créer un pour vous et votre équipe en nous fournissant les noms et adresses électroniques pertinents.

Contactez-nous !

Une fois que vous avez un compte, connectez-vous en haut de cette page. Cliquez sur l’onglet Gestion des ressources pour accéder à votre tableau de bord. Il affichera tous les ensembles de données que vous gérez et sera vide au début. Vous pouvez créer une nouvelle ressource en bas de la page. Suivez le manuel IPT pour des instructions plus détaillées.

NOTICE: Veuillez utiliser le format minuscule suivant pour le nom court de votre ressource : votrecode de collecte - type de données (par exemple, spécimensacad ou observations d’observation de la faune sauvage). Ce nom est utilisé pour identifier et accéder à votre ressource de manière unique et ne peut pas être modifié par la suite ! À des fins de test, veuillez utiliser votreCodeDeCollection-test (par exemple ubc-test).

Une fois que vous avez créé votre ressource, vous verrez la page de présentation de la ressource.

Vous pouvez ajouter les gestionnaires de données qui peuvent avoir accès à votre ressource au bas de la page de présentation de la ressource.

2. Exportation

Exportez votre base de données sous forme de fichier texte délimité, ce qui garantit que les valeurs de vos données sont séparées dans chaque ligne par des caractères de délimitation spécifiques (par exemple .txt, .tab, .csv).

Exemples : Les formats de données délimitées ont des champs/colonnes séparés par un caractère (caractère de tabulation, virgule, point-virgule) et des enregistrements/rangées terminés par des nouvelles lignes.

specificEpithet,infraspecificEpithet,occurrenceRemarks
Leucoagaricus,naucinus,"Du texte, avec une virgule"

specificEpithet;infraspecificEpithet;occurrenceRemarks
Leucoagaricus;naucinus;"Du texte; avec un point-virgule"

specificEpithet infraspecificEpithet  occurrenceRemarks
Leucoagaricus naucinus  "Du texte, avec une virgule"

L’attribution de l’encodage peut aussi parfois rendre les choses difficiles en raison d’interprétations erronées des caractères accentués (par exemple é, à, ü, î) ou du caractère de degré (°). C’est notamment le cas pour les informations sur les auteurs (dwc:scientificNameAuthorship), la personne/groupe/organisation qui a attribué le nom du taxon (dwc:identfiedBy) et les coordonnées géographiques (dwc:decimalLatitude et dwc:decimalLongitude).

Sélectionnez l’encodage de caractères UTF-8 pour votre exportation. Si l’option est disponible, incluez une ligne d’en-tête dans votre exportation (une première ligne avec les noms des champs), car elle sera utile plus tard.

ATTENTION: Veuillez éviter d’utiliser le codage de caractères ASCII, Macintosh, et Windows ANSI.

À cette étape, vous pouvez nous contacter si vous souhaitez obtenir une vérification rapide de vos données avant de les télécharger vers l’IPT.

3. Téléchargement

Pour importer vos données (vos données sources, et éventuellement une ou plusieurs extensions), allez sur la page de présentation de votre ressource > Données sources_ et cliquez sur Ajouter. Vous pouvez importer de nouvelles données, ou vous pouvez également importer vos données sources en tant que ressource déjà archivée (Darwin Core Archive, dossier de configuration de ressource IPT zippé, ou fichier de métadonnées). Vous trouverez plus d’informations sur les fichiers sources que vous pouvez importer ici.

NOTE: Vous pouvez compresser votre fichier source afin d’améliorer la vitesse de téléchargement des fichiers volumineux. L’IPT les décompressera automatiquement une fois qu’il les aura reçus. Suivez le Manuel de l’IPT pour obtenir des instructions plus détaillées, y compris pour avoir les détails de la possibilité d’utiliser plusieurs fichiers sources ou de télécharger via une connexion directe à la base de données.

Une fois que votre fichier source a été correctement téléchargé, une page de détail du fichier source s’affiche (voir un exemple de capture d’écran dans le manuel de l’IPT), indiquant comment l’IPT a interprété votre fichier (nombre de colonnes, de lignes, de lignes d’en-tête, encodage des caractères, délimiteurs, etc.). Cliquez sur le bouton Éditer sur votre fichier source et sur le bouton Option > Aperçu pour vérifier que tout est en ordre, puis cliquez sur Enregistrer.

4. Conversion Darwin Core

La conversion Darwin Core lier les champs de votre fichier source aux termes Darwin Core appropriés.

Si vos données sources utilisent déjà des termes Darwin Core dans l’en-tête de vos données, le processus de conversion est entièrement automatisé. Une simple vérification de la correspondance faite est alors nécessaire pour valider cette étape. Une fois vérifiée, cliquez sur le bouton Enregistrer.

Si vos données n’utilisent pas les termes Darwin Core, cette étape peut s’avérer difficile pour deux raisons :

1. La liste des termes Darwin Core peut être imposante, et il peut donc être difficile de sélectionner ceux qui sont appropriés pour votre ensemble de données.
2. L’IPT ne permet actuellement qu’une mise en correspondance des champs un à un, de sorte que la facilité de mise en correspondance dépendra de la structure de votre base de données et de la faisabilité d’une exportation aussi proche que possible vers le Darwin Core. Contactez-nous pour vous guider à travers les étapes, examiner votre conversion, suggérer des termes et vous aider à répéter les étapes 2 à 4 jusqu’à ce que la conversion soit juste.

Vous trouverez plus d’informations sur la conversion Darwin Core dans le manuel de l’IPT (y compris les types de noyaux, les extensions, la conversion automatique, les valeurs par défaut, la traduction des valeurs, etc.) et dans l’introduction au Darwin Core sur notre site web.

5. Ajout de métadonnées

Si les données sont des briques LEGO, les métadonnées sont la boîte brillante et les instructions. Elles permettent aux utilisateurs de découvrir votre jeu de données et d’évaluer sa pertinence par rapport à leurs besoins particuliers, il est donc utile d’investir un peu de temps pour les fournir.

Allez sur la page de présentation de votre ressource > Metadata et cliquez sur Edit pour ouvrir l’éditeur de métadonnées. Liez votre ressource avec votre institution dans les métadonnées une fois qu’elle est enregistrée auprès du GBIF (voir cette section dans l’introduction de cette page).

Les métadonnées sont exprimées en EML, qui est un standard utilisé par GBIF, et peuvent également être téléchargées sous forme de fichier RTF (Rich Text Format).

NOTE: Le profil GBIF EML peut également être téléchargé sous forme de fichier Rich Text Format (RTF) en utilisant le bouton Télécharger. Ce dernier peut servir d’ébauche de manuscrit décrivant l’ensemble de données (un « Article de Données »), qui peut être soumis à l’un des journaux libres d’accès et révisés par les pairs de Pensoft tels que le Biodiversity Data Journal, Phytokeys, Zookeys, Biorisk, Neobiota ou Nature Conservation.

Suivez le manuel de l’IPT pour obtenir des instructions détaillées sur l’éditeur de métadonnées et utilisez l’un des ensembles de données actuellement publiés comme exemple:

• exemple de collection
• exemple de checklist

6. Publication

Par défaut, la visibilité de votre ressource est définie comme étant privée. Lorsque vous êtes prêt à la rendre publique Visibilité et cliquez sur Modifier pour la faire passer à Public. Voir le Manuel de l’ IPT pour plus d’informations.

Pour publier votre jeu de données, cliquez sur Publier. Vous pouvez également publier lorsque la Visibilité est privée. Cela peut vous permettre de sauvegarder la version de votre jeu de données parmi les gestionnaires de la ressource avant qu’il ne soit prêt à être partagé publiquement. Lorsque vous décidez que la version publiée est satisfaisante, vous pouvez changer la Visibilité vers Public.

Au cours du processus de publication, l’IPT Canadensys générera vos données en tant que Darwin Core, les combinera avec les métadonnées et les regroupera dans un fichier zip standardisé appelé Archive Darwin Core.

Si vous souhaitez attribuer un DOI à votre jeu de données, vous devez cliquer sur le bouton Reserver , puis publier à nouveau en utilisant le bouton Publier. Le DOI est enregistré directement auprès de DataCite et un lien sera ajouté dans les métadonnées de votre ressource. Si votre jeu de données n’a pas encore été publié, vous devez d’abord le publier, réserver un DOI et publier à nouveau. La version de votre jeu de données passera alors de la version 1.x à la version 2.0, car il s’agit d’un changement majeur dans les métadonnées de votre jeu de données. Pour plus d’informations sur les étapes d’attribution des DOI, vous pouvez consulter le processus de DOI. Pour plus de détails sur le processus général de publication, voir le Manuel de l’IPT.

NOTE: Ne publiez pas publiquemenent des données test si vous en utilisez.

Félicitations ! Vous venez de publier votre premier jeu de données aux yeux du monde ! Il est maintenant listé sur la page d’accueil du répertoire et vous pouvez le partager en utilisant ce format de lien :

https://data.canadensys.net/ipt/resource?r=dataset-shortname

Vous pouvez desormais notifier les réseaux régionaux ou thématiques dont vous faites partie, comme par exemple VertNet, le Consortium of Northeastern Herbaria ou la Société d’Entomologie du Canada.

Gardez à l’esprit que vore jeu de données publié est une vue statique de vos données qui ne changera pas tant que vous ne téléchargerez pas une version mise à jour de votre fichier source et cliquiez à nouveau sur Publier. Cette procédure présente l’avantage que votre jeu de données est toujours disponible, qu’il ne nécessite pas de connexion Internet à votre base de données et qu’il peut être facilement partagé (par exemple, vous pouvez envoyer l’archive Darwin Core à un collègue par courrier électronique). Elle vous permet également de contrôler plus précisément le processus de publication (version 1, version 2, etc.) et les utilisateurs sont informés du caractère récent des données et des différences entre les versions (par exemple, ajout de données, correction d’erreurs, modification des métadonnées, etc.)

7. Enregistrement auprès de GBIF

Even though your dataset is now available to everyone on the Canadensys IPT, you can enhance its accessibility by users by registering your dataset with the Global Biodiversity Information Facility (GBIF). It allows your data to become available to an international audience via the GBIF portal. It also ensures full attribution is given to your institution. By registering your data, you agree with the GBIF Data Publisher Agreement.

Même si votre jeu de données est désormais accessible à tous sur l’IPT Canadensys, vous pouvez améliorer son accessibilité par les utilisateurs et utilisatrices en enregistrant votre jeu de données auprès du Global Biodiversity Information Facility (GBIF). Cela permet à vos données d’être accessibles à un public international via le portail GBIF. Il garantit également que l’attribution complète est donnée à votre institution. En enregistrant vos données, vous acceptez le Accord de publication des données de GBIF.

On the resource overview page, in the registration section, click on Register. You can then confirm that you are in accord with the GBIF data sharing agreement in the dialog box. Your dataset is now available on GBIF! See the IPT manual) for more details about the registration step. It will allow GBIF to index your resource on their portal, where it can be easily accessed by everyone.

Sur la page de présentation des ressources, dans la section enregistrement, cliquez sur Enregistrer. Vous pouvez alors confirmer l’accord de partage de données de GBIF dans la boîte de dialogue. Votre jeu de données est maintenant disponible sur GBIF ! Cela permettra à GBIF d’indexer votre ressource sur son portail, où elle sera facilement accessible à tous. Consultez le manuel IPT) pour plus de détails sur l’étape d’enregistrement.

NOTE: Si votre jeu de données a déjà été publié (entièrement ou partiellement) sur GBIF via un autre IPT, des mesures doivent être prises pour relier l’ancien et le nouveau jeu de données afin d’éviter les doublons. Contactez-nous pour que nous puissions organiser cette étape supplémentaire dans le processus de publication !

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Citation

Comme tout le contenu de ce site, ce guide est publié sous CC-BY. Pour citer ce guide, utilisez la citation :

Desmet, P.; Leménager, M.; Sinou, C. 2025. 7-step guide to data publication. Canadensys. https://canadensys.net/publish/7-step-guide/